Jusqu'à la Révolution, Soultzmatt dépend du baillage de Rouffach et par là appartient aux évêques de Strasbourg.

De nombreuses familles nobles habitaient la ville. Sept châteaux forts sont construits au Moyen Âge; seul subsiste aujourd'hui le Wagenbourg. La ville est souvent dévastée au fil des siècles : Thiebaut de Ferrette en 1298, les Anglais en 1375, les Armagnacs en 1444, les Navarrais en 1575, et pendant la guerre de Trente ans, par les suédois  puis Turenne.

La source d'eau bicarbonatée est connue probablement depuis les romains et redécouverte en 1618. Des installations thermales sont construites en 1662. Le nom de Nessel lui est donnée en 1838 après son achat par Louis Nessel. L'apogée de la source se situe entre 1865 et 1891, année de l'incendie de la station thermale.